Hasta donde yo se y he leído, cuando Nintendo y Rare se separaron, Nintendo se quedó son sus propiedades intelectuales (Donkey Kong, Star Fox, etc.) y Rare con sus propiedades intelectuales (Banjo, Conker, etc.).
Golden Eye no es propiedad intelectual de Nintendo, así que no tiene licencia sobre ella, pero Rare tampoco, Golden Eye, como licencia de una productora de cine pertenece a la compañía que tiene los derechos en este momento, que es Activision.