Pues... depende de tus gustos, para mi son muy distintos.
Gran Turismo es un "simulador" de conducción. Trae unos 70 coches de diferentes modelos entre los que se incluyen varios Ferrari. A su favor, un nivel de realismo muy grande, online (las partidas van generalmente bien, pero no se pueden crear salas privadas)... Es un aperitivo de lo que será Gran Turismo 5, pero si te gustan los juegos de conducción pura y dura te encantará. Es un gran juego.
Motorstorm es lo contrario. Es un juego que se basa en carreras por el desierto y su objetivo es divertirse conduciendo diversos tipos de vehículos (quads, motos, rancheras, coches de rally y camiones). Para mi uno de los mejores juegos que han salido en PS3. Tremendamente divertido, a nivel técnico luce muy bien, espectacular banda sonora, gran modo online... Sin duda uno de los grandes. Aunque está al caer la segunda parte que mejorará muchísimo en todos los aspectos.
En conclusión, depende de tus gustos, Gran Turismo es un grandísimo simulador de carreras y Motorstorm es un juego de conducción que tira más para el lado arcade y busca más la diversión. Ambos te los recomiendo, son auténticos juegazos. Además están muy bien de precio.