Si mal no me acuerdo, haciendo torneos, cada vez que te lo pases con un mazo diferente te daban 500 de cada, excepto de los colores especiales que daban mucho menos.
A si que mi consejo es que si necesitas gemas de color rojo, verde o amarillo, te vayas a una pantalla donde aparezca solamente un Chracter battle enemigo de ese tipo y que lo mates muchas veces con ataques especiales (y mas si es una batalla por puntos), y si es de colores especiales o wifi que te dan 10 por cada victoria o torneo.