Sí, soporta el EZ 3 en 1 automáticamente con AKAIO 1.4.1, doy fe de ello. Simplemente, metes el cartucho en la ranura de GBA y automáticamente te reconocerá todas las roms que tengas .gba. Las ROMs que ocupan 32 MB las carga en la memoria NOR del cartucho automáticamente, en las de 16 o menos puedes elegir cargarlas en la memoria NOR o en la RAM.
Básicamente, la diferencia entre un método y otro es que si las cargas en la memoria NOR, te aparecerá como si hubieras metido el cartucho original de GBA en el menú principal de DS (hasta que borres la NOR o cargues otro juego), con lo cual podrás arrancar más rápido los juegos, sin necesidad de esperar siempre a que se cargue. Si decides cargar un juego por la RAM, tendrás que esperar unos 5-15 segundos (según lo que pese la ROM) siempre que quieras jugar por RAM.
La principal desventaja de la memoria NOR es que sólo permite cargar un juego a la vez, y que para cargar de nuevo otro juego hay que esperar 3 o 4 minutos. De todas maneras, lo más práctico es cargar un juego que pese mucho en la NOR (16 o 32 MB), y dejar los otros que pesen menos para cargar por RAM, que es lo que yo hago. Si vas a jugar únicamente a un juego de GBA, pese lo que pese, pues lo cargas en la NOR y listo.
Sobre los savegames, no sé a qué te refieres exáctamente, pero me suena más a ROMs de DS que de GBA. Con el firmware AKAIO no vas a tener, hoy en día, problema con ninguna ROM. Incluso con las que tienen sistemas de protección, están prácticamente todas resueltas. De hecho, hoy en día, la única ROM que no funciona con normalidad es la del último Final Fantasy que han sacado, pero es que no funciona en ninguna otra flashcard tampoco. El único método para hacerla funcionar (común a la mayoría de flashcarts), es parcheándola con un archivo de cheats e introducirlo ciertos códigos.
Ah, y un apunte que a mi me tenía en duda hasta que probé el EZ 3 en 1: se pueden guardar tantas partidas como queráis. No por que sólo te permita cargar un juego en la NOR significa que sólo en ese se puede guardar la partida, si se carga un juego por RAM, se guarda normalmente, y es perfectamente compatible si en un futuro quieres cargar ese juego en la NOR, o viceversa.