Pues para emepezar tienes el propio IME de Windows, el cual se puede configurar tanto en la instalacion como despues, y agregar tipos de teclado, el japones concretamente y para ello antes has de instalar la compatibilidad con caracteres de escritura compleja asiatica.
Si no, creo q con el Office tb biene e incluso lo puedes descargar por separado.
La forma de introducir los caracteres en word, wordpad, etc es si kieres insertar el hiragana para el sonido "Ka" pues tecleas K+A (sin el simbolo +) y sale automaticamente, aceptas con enter y solucionado. Para el katakana puedes seleccionar una opcion q es directo en katakana y asi vas mas rapido, pero la manera de introcuducir es la misma.
Los Kanjis es de la misma manera pero cuando tienes introducida la palabra en romaaji, por ejemplo "T+S+U+K+U+E" le das a la barra espaciadora y te pone la lista de kanjis para esa pronunciacion. Asi, eliges el q kieres y con enter lo agregas al procesador de textos q estes usando.
Si no consigues info sobre el IME busca en nipoweb q tienen un apartado dedicado a ello y ademas busca el NJStar, un procesador de textos japones con diccionario en ingles muy bueno para windows.
Saludos!