Buens metes el ultimo launcher.dat de gateway y si es 3ds old puedes actualizar sin problemas por que se da soporte a la ultima emunand 10.1, pero si es new 3ds no por que solo admite emunand 9.5.
Si tienes emunand gateway al entrar en perfil te entra directamente a ella, pero asegurate y no vayas a cagarla.Yo en la nand real tengo una carpeta creada con la letra R y en la emunand otra carpeta letra E y asi se si estoy en emunand o nand real, para mayor seguridad.
Sobre lo que dices de los juegos de eshop en el foro hay un tutorial que pone esto
Crear un backup .3ds de un juego de la eShop ó .cia instalado