No creo que te los duplique ni muestre caratulas dobles a menos que tengas el mismo juego en los dos discos duros repetido.
Es mas si no detecta un disco duro o no esta conectado el FSD no muestra los juegos, solo muestra lo que detecta.
Puedes comprobarlo en el gestor de rutas, si entras sin ningun disco duro conectado veras que faltan rutas como USB0/Games por ejemplo y si conectas el Disco duro USB aparecera otra vez la ruta.
Si arrancas la consola solo con el disco duro de juegos kinect, el FSD solo te mostrara los juegos kinect, si la arrancas con el otro no muestra los kinect y si la arrancas con los dos, muestra Juegos normales y kinect.
Lo de la asignación de usb0 y usb1 lo hace automático la consola, y da igual que tu asignes como ruta por ejemplo USB0/juegos kinect. Y que la consola te arranque de casualidad USB1/juegos kinect, estos aparecerán igual en el apartado de juegos del FSD.
No se si me he explicado bien ya que no es fácil jejejeje.
Si no siempre puedes hacer la prueba con varios pendrive y el disco duro y miraras como son los arranques.