Siendo los mismos que en Wii, la historia principal del juego no sigue la serie, si no que es una historia inventada que se podría situar entre Thriller Bark y Sabaody (aunque aparezcan algunos enemigos vistos en el archipiélago). Y luego el añadido de Marine Ford que si que sigue la serie.
Así pues el primero tiene su historia completa y el segundo la continuación de ésta debido a algo que ocurre al final.
Consejos te doy que vayas con calma ya que es un juego donde completarlo al 100% te puede llevar más de 60 horas, y no es broma, aparte de seguir la historia tendrás que recolectar objetos más o menos difíciles de conseguir, mejorar accesorios y algunos bosses (enemigos de la serie) son realmente duros.