Pues yo diría que la forma Mega será (o debería ser) permanente, puesto que algunos Pokémon cambiarán de tipo. Por ejemplo, Ampharos actualmente es eléctrico, y pasará a ser eléctrico-dragón. En su forma original no tiene ataques de este último tipo, ni deberían hacer esto posible. Por tanto, si la forma 'Mega' no es permanente, cuando vuelva a su forma normal tendrá atraques que no le corresponden, mientras que si es permanente, no hay ningún problema.
A no ser que directamente las nuevas formas que adquieran otro tipo no aprendan ataques de éste, lo cual me parece una tontería...