El juego pide mucha cpu, puede que sea normal esos fps y el juego tiene bajadas notables en algunas zonas, prueba a bajar resolucion y quitar antialiasing, pero tampoco es muy preocupante porque el original solo va a 30fps.
lo de compiIing shaders, es normal, la primera vez que juegas una fase tiene que compilarla, si la rejuegas ya carga del tiron.
Para intentar probar ajustes, puedes probar a subir o bajar el vblank, tambien mira el multithreaded rsx, tambien suele ser de ayuda, pero dependiendo de la cpu que tengas, puede ser lo contrario, yo tengo un ryzen 3600 4.1ghz 32gb 1070 y en algunas zonas va a 15fps, tenlo en cuenta.
Supongo que el mgs4 lo estas usando en la custom del rpcs3 que comente (
enlace), pues en el original no funciona todavía muy bien y lo actualiza con bastante frecuencia.
Ahhh y hay una pestaña debug oculta, que tienes que mirar en inet como desbloquearla que no me acuerdo, para más opciones.
PD: Te recomiendo cambiar los controles del juego en el emulador y poner lo de disparar y apuntar en los gatillos, es mucho más cómodo, sobretodo si vienes de MGS 5.