Bueno finalmente y tras muchos problemas he conseguido instalar varios legit CIA. Por si acaso os digo lo que he hecho, aunque igual no todo tiene relación y es mera casualidad, pero yo os lo cuento por si acaso.
1- Entre al Homebrew Launcher a través del browserhax y borre el homemenuhax desde la opción correspondiente en su manager.
2.- Apagué la consola, saqué la microSD, la metí en el ordenador e hice una copia de la carpeta "Nintendo 3DS".
3.- Formatée nuevamente la microSD en fat32, como la tarjeta es de 64gb, lo hice con el EaseUS Partition Magic.
4.- Volví a meter la carpeta Nintendo 3DS en la microSD, además descargué de nuevo el browserhax, homemenuhax y NASA_1 y los metí desde cero en la microSD. Además metí también el sysUpdater y la carpeta updates con los CIAs correspondientes a mi N3DS porque iba con la intención de hacer downgrade (aunque al final no lo hice).
5.- Entré nuevamente al homebrew launcher con el browserhax e instalé (modo online) el homemenuhax.
6.- Apagué la consola y entré al homebrew launcher mediante el homemenuhax (Pulsando L al encender)
7.- Abrí y cerré el FTBoni o como se llame, tras esto entré al sysUpdater y ejecutó bien, pero le di a cancelar y volvió al homebrew launcher, tras esto abrí el NASA y voilá! Se abrió bien, pero no tenía los Legit CIA en la microSD, así que no pude instalar nada.
8.- Apagué la consola, saqué la microSD y le metí todos los legit CIA que quería instalar (9 en total).
9.- Volví a meter la microSD en la consola e hice el punto nº 7, pero el NASA se quedaba en negro. Apagué y volví a intentar pero sin entrar al sysUpdater, es decir, primero ftbony y luego NASA, pero nada, pantalla en negro.
10.- Meti la microSD en el PC y borre 7 de los CIAs, dejando solo 2. Entonces volví a entrar al homebrew launcher, entre al ftboni y salí, y luego al NASA y perfecto! Abrió y pude instalar los 2 CIAs.
11.- Acto seguido metí la microSD en el PC, borre los dos CIAs, pues ya estaban instalados y metí ahora otros 3. Mismo proceso, primero ftboni, entrar y salir, y luego el NASA y de nuevo al primer intento abrió y pude instalar los 3 CIAs.
Conclusión, puede que no abrierá por sobrecarga de CIAs? puede que entrar al sysupdater y luego salir para luego ejecutar el NASA ayudase? puede que el formateo de la microSD y reinstalación del homemenuhax funcionase? No sé que habrá sido pero finalmente me funciona