Bueno os comento lo que he hecho yo al final y de momento me está funcionando:
1. He borrado los datos de los juegos, que no las partidas y el open manager stealth cod black ops que tenia y he dejado el otro open manager que viene preparado para la 3.55 CFW.
2. He borrado los juegos que tenia con algun parcheo de eboot o modificacion para la 3.41 en el disco duro interno
3. He bajado el fix permission, el lv2 v4 y el gaia manager 2.2 y posteriormente instalados.
4. He ejecutado el fix primero, luego el lv2 v4 y despues el Gaia.
Tras esto, cero cuelgues, y juegos como el batman que se me colgaban antes de cargar partida me funcionan de maravilla.
Espero que esta solución os funcione como me ha funcionado a mi.
Un saludo!!