A ver, si. Para hacer una copia de seguridad sin usar Time Machine, basta con que las carpetas que hay dentro de tu "home" las pases a ese otro dispositivo.
Por ejemplo, para hacer una copia de todas las fotos del iPhoto, entras en el Finder, entras en la carpeta imágenes (o photos) y copias la carpeta iPhoto Library (que te saldrá con un icono de varias fotos de colores) a ese otro disco duro.
Si quieres hacer una copia de iTunes, basta con copiar la carpeta Música (o music) a ese otro disco duro.
Y luego para restaurarlas, lo mismo pero al revés...