Por todo lo que he estado viendo sobre ese internet profundo, creo que cabria separar distintas categorias.
Ese 90 o 95% de lo que no aparece en los motores de búsqueda se compone de webs olvidadas o que sobran, o que simplemente no se pueden encontrar son demasiadas, pero serian normales.
Luego archivos o vinculos que no aparecen por que son otro tipo de formatos, que se abren con determinados programas, por ejemplo tendríamos los torrents, no puedes decargarlos desde el explorador, aunque puedas encontrar sitios web donde te dan la dirección torrent no accedes a el directamente.
Luego multitud de sitios privados, con contenido totalmente normal, como bibliotecas nacionales etc
Creo que esto debe de ser la gran parte de ese intenert profundo, cosas que tienen que ver con el Internet normal, pero simplemente no aparecen, por que son un poco sus cimientos.
Después, en menor medida, pero que llama mas la atención es la parte que corresponde a "la red" onion, donde hay de todo, sobretodo cosas ilegales, puesto que da una privacidad que la web normal no nos da. Una pena que ese proyecto no se utilizase para cosas mas constrictivas, podria ser una genial herramienta para los ciudadanos.
También, deberían estar todos los archivos que compartan de manera privada grandes administraciones, simplemente están en la red, por que la usan para comunicarse, pero no podemos acceder a ellas mediante el IE, ni tampoco creo que se pueda con el Tor, eso serán otros métodos casi de espionaje entre naciones supongo, pero la posibilidad existe.
Y creo que de una mezcla de todo eso, salen leyendas como que a través de el Tor, puedes llegar a conocer los grandes secretos de la humanidad.
Resumiendo, la mayoría de lo que hay en Internet son cosas sin ningún interés, como podrían ser nuestros mensajes privados entre eolianos. No pensemos que ese 95% de la información de la web son cosas especiales.