Megaupload tiene muchos servidores y aunque la mayoría van bien, hay alguno que no. También suele dar la casualidad que los enlaces más antiguos no van tan rápidos como los nuevos. Supongo que los archivos con más demanda o recientes estarán en servidores más rápidos, lo cual sería lógico.
Sin cuenta ni nada, lo mismo estoy descargando a todo lo que da la línea que como ahora mismo, unos archivos que tienen ya bastante tiempo, no superan los 100kb/s.
En rapidshare solía ocurrirme lo mismo cuando tenía cuenta premium, lo mismo iba como un tiro que te podías morir con archivos raros/viejos.