Yo lo k hago es abrir el mkvextract, extraigo la pista de video que posteriormente abro con el h264, le pongo 4.1 y la guardo, dspues abro el mkvmerge y abro el mkv antiguo, abro el video a 4.1 y al juntarlo deselecciono la pista de video antigua, y dejo seleccionado el video a 4.1 y el sonido, lo paso y luego paso con el tsmux sin problema a m2ts...