Solucionado, el tema de todo es meter correctamente los ficheros .ELF dentro de la carpeta booT_O2 que se crea automáticamente en raiz del disco duro. Luego, mediante la aplicación PS2OS transfiero ficheros desde el cd, desde cualquier ubicación del disco duro o de la MC a la carpeta anteriormente dicha. De esta manera puedes hacer que se te carguen las aplicaciones desde el disco duro mediante el O2Loader.
Lo único es que el PS2OS me sigue sin reconocer el pendrive o cualquier dispositivo que se carguen desde el USB. He probado tb desde un IPod 20Gb y no me lo reconoce. Pero el O2LOADER sí que me lo reconce.
Bueno pues eso, que gracias a las horas echadas y a la ayuda de toda la gente he logrado comprender el funcionamiento de esta pedazo de aplicación así como la de pedazo MODCHIP que es el O2. OS LO RECOMIENDO A TOD@s.
Saludos y aquí me tenéis para ayudaros para lo que queráis.