No hay ninguna diferencia entre programar para android o para 3DS, a parte del lenguaje claro.
Las librerías y el sdk te proporcionan todas las funciones que controlan el hardware por lo que las especificaciones del hardware son transparentes a lo que hagas.
Hace años se programaba directamente con los chips, tenias que imprimirte el datasheet de un millón de paginas y aprenderte todas las funciones. Hoy por suerte o por desgracias ya no es así.
Si estas estudiando ingeniería informática lo mas seguro es que pronto te hagan programar un 8086, 8051 o un M86k y le pillaras el gustillo