El problema con iBooks Author, es que sólmanete sirve para crear Textbooks de iPad. Nada más, si quieres hacer cosas en cualquier otro formato te va a generar una mierda.
Si quieres sacar PDFs de un software no profesional te recomiendo usar Pages o Keynote, son bien sencillos y puedes sacar cosas decentes, además no tendrías problemas en copiar y pegar cosas entre iWork y iBooks Author.
Por cierto existe una aplicación llamada
Hype, está diseñada para crear animacioones interactivas usando HTML, CSS, y Javascript la gran ventaja que tiene es que permite crear Widgets para iBooks Author, y es prácticamente tan fácil de usar como Keynote y a un precio accesible.
Para hacer
screencast, lo mejor y con diferencia que he probado es
ScreenFlow, además de grabar la pantalla, el audio, y vídeo de webcam, tiene grandes opciones de post-edición, por ejemplo puedes hacer zoom a una sóla ventana o a un menú, puedes hacer el ratón más grande, efecto de radar en el cursor, sonido de clicks, hacer que se vean en la pantalla las teclas que presionas, y todo en post-proceso, es decir nada de eso te va a estorbar mientras grabas. Además integrado un editor de vídeo y audio que sinceramente me parece más comodo que iMovie. En lo personal también he probado el Camtasia Studio para Mac que tiene funciones similares y me quedo con Screenflow.
Sobre referncias no he probado nada, pero he oído de EndNote.
