Bueno después de probar 2000 métodos por fin encontré una forma de meter multisdisco usando .m3u y que retroarch te lo reconozca si lo arrancas desde la stock ui.
1- Crear una archivo de texto con el nombre del juego, por ejemplo Parasite eve, dentro de ese archivo pegamos los nombres de todos los .cue que lleve el juego para que el txt te quede así:
Parasite Eve (USA) (Disc 1).cue
Parasite Eve (USA) (Disc 2).cue
Luego cambiamos la extensión del .txt a .m3u.
2-Creamos otro archivo de texto y le volvemos a poner el mismo nombre, dentro de ese archivo ponemos lo siguiente:
FILE "Parasite Eve.m3u" BINARY
TRACK 01 MODE2/2352
INDEX 01 00:00:00
Cambiar "Parasite Eve.m3u" según el nombre que le hayas puesto.
Luego cambiamos la extensión de .txt a .cue
3-Nos vamos a bleemsyncui y al elegir subir archivos seleccionamos: el .m3u y el .cue que hemos creado y luego los .cue y .bin del juego original
Se que es un método un poco tedioso pero es muy útil para meter juegos multidisco cuyo PBP ocupa más de 2GB y no funcionan de serie, como por ejemplo fear effect 2 o final fantasy VIII.
Seguiré probando algún metodo más fácil , como por ejemplo subir de golpe todo a bleemsyncui sin tener que conectar el pen al pc.
De todas formas si alguien como
@TuberViejuner tiene contacto directo con los devs podría comentarles lo de implementar la creación de .m3u al subir multidisco
EDITADO: Acabo de probar y subiendo todos los archivos de golpe con bleemsyncui retroarch reconoce los 2 discos del juego.