Por mi experiencia personal (old 3DS con 1.0), lo que tuve que hacer es actualizar a 4.5 la sysNAND. En mi caso lo hice con un cartucho original de 3DS que tuviera ese firmware, y después utilizar un flashcard de DS para poder instalar el exploit necesario para cargar el software de Gateway.
Este último paso fue necesario porque al no haber actualizado nunca la old 3DS, el navegador queda "deshabilitado" hasta que actualizas a través de internet, que instala la última versión disponible, por lo que subiría la sysNAND a 10.3 (a fecha de hoy) y no podría usar ningún CFW.
Si tu navegador está "activado", lo puedes usar para ejecutar el Gateway y crear la emuNAND, tienes dos vías: utilizar el hack del navegador para instalar el exploit de perfil de DS (útil hasta 4.5) ó sin el exploit con browserhax (hasta 9.2).
Una vez cargado el Gateway, independientemente del método anterior, primero crea un backup de tu sysNAND, por si pasara algo y puedas restaurarla con un hard mod. Después, crea la emuNAND con el Gateway.
Esta emuNAND es una copia de la sysNAND pero parcheada, cuando estés dentro de la emuNAND, haces el proceso de actualización de la consola a través del menú de configuración. Te tienes que fijar que en la versión del firmware aparece delante GW3DS 4.5.X-XE. Si no es así, es que estás en la sysNAND, NO SIGAS SI NO ESTÁS SEGURO!
Tras actualizar, cuando intentes arrancar la emuNAND con el Gateway seguramente se quede la pantalla en negro, es normal porque la emuNAND está en la última versión, que no puedes arrancar con Gateway. Aquí es donde entra xrTools.
Metes los archivos necesarios del rxTools, al ejecutarlo la primera vez instalará unos archivos en la emuNAND para adaptarla y hacer que funcione. Tras acabar la instalación, vuelves a ejecutar el rxTools y, si todo ha salido bien, te arrancará la consola.
Mi consejo aquí es que hagas dos cosas: 1º separar las NANDs, para poder diferenciarlas y que cuando instales algo en la emuNAND no se te duplique en la sysNAND; 2º hacer un clonado de la SD en el ordenador, para que si hay algún problema no tengas que crear la emuNAND de nuevo.
Ya aquí puedes hacer lo que quieras: instalar fbi ó BigBlueMenu para poder instalar cias, actualizar la sysNAND a 9.2 para meter el homemenuhax y que arranque el Homebrew Launcher al encender la consola, o incluso configurar el arranque con CtrBootManager para que al encerla ya arranque dorectamente rxTools y la emuNAND.
Todo esto lo tienes detallado en los wikis correspondientes en este mismo foro. Si tienes dudas, pregunta
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Saludos.