Yo lo tengo con la Bios 1.3c, en la flash memory con Super Mario World. Lo que tienes que hacer es buscar un ROM en buen estado, con el checksum correcto para evitar problemas de guardado.
Sigue las instrucciones de Snes9x para hacer un archivo DOL. Cópialo en la flash memory como si fuese un background o una Bios, debe ocupar 5, 8, 12 bloques, quién sabe, o no caber en la memoria, dependiendo del tamaño del ROM, así quie escoge uno no muy grande para las primeras pruebas. Asegúrate de tener los bloques necesarios libres y CONTINUOS en la memoria del chip. Se tarda varios minutos en flashar.
Enciende la consola sin disco, presiona [B] y escoge "Application". Ejecuta el archivo DOL del juego Presionando [A]. Si el ROM está en buen estado, podrás grabar tu avance como si estuvieras jugando con el SuperNES original, nada de guardar/cargar estado. Lo que sí puedes hacer es configurar tus controles y guardar un archivo de la SDRAM en la tarjeta de memoria de la cube. Cuando lances el juego de nuevo, no olvides volver a cargar la SDRAM de la tarjeta de memoria para recuperar la configuración y el avance del juego.