Nop, puedes formatear tranquilamente cuando quieras.
Lo de las carpetas es que dentro de la carpeta PSP debes tener GAME, GAME150 y GAME302 (además de otras como SAVEDATA,...) y cada vez q formatees deberas crear GAME150 y GAME302, es un paso para todos los usuarios vengan de SE o de 1.5.
Si te interesa tb esta el tutorial para pasar a 3.03 OE-A, linkado en mi firma.
Un saludo!