Por ahi hubieras empezado...Te recuerdo que algunos juegos poseen saves especificos (Eeprom,Sram o Flash) logico si tu save no es compatible (sea por formato o tamaño) simplemente no te servira la aplicacion..Esto viene a caso ya que en algunas roms parchadas se cambia el save del juego con respecto al original (por ejemplo cuando parchas el reloj en R/S),Logico esto provoca cierta incompatibilidad..
Igual ocurre al jugar desde el emulador (recuerda que el save es de 128KB y no de 64KB) y logico si metes un save de tamaño incorrecto este fallara (aunque funcione bien en la flashcart o el emulador)
¿Donde lo estas jugando y como tienes gestionado ese save? ya que ahi podriamos encontrar la falla...