La WiiU corre los juegos de Wii de forma "nativa" (Por eso no se puede jugar con el GamePad, por ejemplo) mientras que los de N64 lo haría a través de un emulador, en caso del emulador debería ser "fácil" renderizar los juegos 3D en HD (Como es capaz de hacer cualquier emulador, Project64 por ejemplo), otra cosa es que el resultado sea bueno, que a mi personalmente no me lo parece ya que con los polígonos y texturas de la época queda realmente extraño y desde mi punto de vista hace que los juegos se vean más cutres.
En los juegos de la consola virtual de Gameboy Advance (No tengo de NES o SNES así que no sé si ahí también) hay opciones para poner un filtro antialias a la imagen y que no se vean tantos dientes de sierra (Yo lo he probado en Metroid Fusion concretamente), así que antecedentes, haberlos los hay.
Ahora bien, desde mi punto de vista esto se entendió mal, si miramos los juegos de Wii en la eShop pone que son compatibles con las resoluciones 360,480,720 y 1080, eso no significa que se rendericen a esa resolución, solo que "son compatibles", lo cual tristemente me cuadraría más con el modo de proceder de Nintendo.