Vale lo he conseguido, y no era por tocar el mando, ya que la version 1.1 hay que pulsar el boton reset de la consola.
Puede que sea una tonteria, pero ha sido asi cuando me ha funcionado. Antes copiaba a la raiz de la sd primero el boot.elf del wad installer, y luego copiaba el WAD que queria instalar, y así no me funcionaba. Cambie el orden en que hacia esto y me funcionó. Es decir, copiar primero a la sd el WAD que quieres copiar a la consola, y despues el boot.elf.
Es posible que haya funcionado por otra cosa, pero es curioso que al cambiar el orden de copiado a la sd haya funcionado xd
saludos!