Yo probaría a ponerle a esos zapatos unas plantillas de gel. Es un tipo de plantilla un poco caro, en torno a 10 euros, pero ofrece la máxima comodidad para caminar. Hay que recordar que el gel es una tecnología que se usa masivamente en zapatillas deportivas de gama media/alta como por ejemplo en los modelos de la marca Brooks (Brooks Glycerin, o Brooks Ghost, por ejemplo)
La desventaja de la plantilla de gel es que pesa bastante, pero eso no tiene importancia en un zapato de seguridad.
Aún así, tampoco convertirá al zapato en una zapatilla deportiva, porque sólo añade algo de comodidad, pero no modifica nada de la parte de la mediasuela y suela.
Otra cosa que te recomiendo hacer es limitar el tiempo que te pongas esos zapatos de seguridad, de este modo: para ir y volver al trabajo desde casa, te pones lo que quieras, por ejemplo unas zapatillas deportivas cómodas; y al llegar al trabajo, te pones los zapatos profesionales; y al salir del trabajo te los quitas también y vuelves a ponerte las zapatillas deportivas. Así te causarán menos molestias a largo plazo.