Si que se pueden jugar por separado, pero dada la continuidad de algunos personajes, especialmente el protagonista, lo suyo seria empezar por el Zero, luego Kiwami, luego Kiwami 2, etc etc...
Lo unico "malo" del Zero es que, al ser una precuela, muchos personajes nuevos acaban desapareciendo ya que en el original no existian. Y que las mecanicas de juego del Zero estan relativamente avanzadas al ser un juego bastante mas nuevo (salió después de Yakuza 5), con lo que el salto a los originales se hace un poco raro. Al menos las versiones Kiwami han cambiado muchas de las mecánicas y ese salto no se hace tan chocante.
No obstante, recomendaria encarecidamente empezar desde el Zero. Del Zero al 6 es la historia completa, en orden cronológico, de Kazuma Kiryu. De un pimpollito a un viejo gruñón.