NIS America ha lanzado mediante Steam una nueva actualización para Ys IX: Monstrum Nox que añade un modo cooperativo para dos jugadores. Cuando se activa esta nueva opción un segundo jugador puede entrar y salir de la partida presionando el botón Start (o equivalente) en cualquier mando que no sea el principal. El cooperativo local puede ser online gracias a la función Remote Play Together.
El modo cooperativo de Ys IX: Monstrum Nox permite a dos jugadores jugar juntos en todos los escenarios del juego, incluyendo la lucha contra monstruos, exploración de mazmorras y los paseos por la ciudad de Balduq. Esta misma actualización también añade soporte para la pantalla 16:10 de Steam Deck y soluciona algunos bugs.