Yo tambien tuve un problema muy parecido al que comentas. Resulta que tengo 2 MS, una de Sandisk 1 GB y otra de Sony de 1 GB, antes las MS Magicas se las hacia a la de Sony y con el DC 6, tuve problemas a la hora de crear la MS Magica, opte por hacerlo en la de Sandisk y funcionó. Hasta ahora sigo haciendolo en la de Sandisk y 100% fiable. La de Sony la tengo ahora para juegos pequeños y ese va a ser el uso que le voy a dar.
Consejillo: No se si sera cierto, pero dicen que formateandola en FAT y no en FAT32 se suele crear la MS Magica por no se que rollo del MagicGate, no estoy muy seguro. Sino, pillate alguna de Sandisk Gamming de 1 GB que dicen que son muy buenas a la hora de hacerle la MS Magica. Otra cosa no se me ocurre.
EDITO: Tambien puedes usar el "mspformat", haber que tal te va...
Saludos...