cuando termines de copiar cosas desde el ordenador a la ms, via USB, antes de desconectar la psp dale al icono verde para quitar hardware con seguridad (asumiendo que utilizas windows).
si estás trabajando con el usb en modo de alto rendimiento, se cacheará la información y se escribirá en la tarjeta en paquetes grandes, en vez de pequeños, con el inconveniente de que podrías desconectar el usb y todavía no se ha alcanzado a escribir la información.
Dentro de esta información también puede estar la tabla de asignación de ficheros (FAT), y si no alcanza a copiarse correctamente, puedes corromperla, dando como resultado por ejemplo lo que te pasa: que no aparezca ningún fichero en la MS, pero que si estén ocupando espacio (claro, han sido copiados los ficheros en la MS, pero la tabla de asignación no los puede "enlazar", por lo que se transforman en ficheros "inalcanzables" o "invisibles" para poder usar)