Yo defragmento y hago vida normal en el PC, siempre y cuando no sea poner un juego, porque evidentemente va más lento. Por otro parte creo que los archivos que utilices del PC mientras está defragmentando no se defragmentarán. Digo creo porque al estar en uso (temporales, cookies... en el caso de Internet, en el eMule por ejemplo los part.met si lo tienes corriendo) dudo mucho que el defragmentador pueda "reordenar" esta información que estás utilizando en dicho momento... Al menos en el informe que aparece al final a mí me aparece que no ha podido defragmentar una serie de archivos, y siempre coincide con los programas que estoy utilizando mientras se realiza dicha tarea.