Bueno, por lo que yo tengo entendido (no me ha pasado nunca, creo, pero lo leí en alguna parte hace tiempo), si el icono de GBA no sale es que estás teniendo problemas con la tarjeta microSD. Si no te ha pasado (aun) en la DS, habrá sido casualidad.
Si te pasa habitualmente en GBA, lo tienes fácil. Prueba con otra microSD unos días. Si te sigue fallando, abre el flash, usa CRC o algo parecido que limpie contactos electrónicos en los contactos de la ranura de la microSD y vuelve a probar.
No estaría de más que lo hicieras con todos los contactos, por si acaso.
Si aun así falla, aprovecha los últimos días del cartucho... me da que debe estar terminal...
Un saludo.