Una cosa es un justificante de haber ido al médico y otra muy diferente un parte de baja o de confirmación de baja.
El justificante, para la empresa, al final no deja de ser un documento interno que a ti te sirve para que no te sancionen por faltar al trabajo y, en caso de que el convenio lo contemple, no te descuenten del sueldo el tiempo faltado a trabajar. Entonces, que necesiten el original o una copia no deja de ser en cierto modo una "manía" de la empresa. En este caso podrías pedir un acuse de recibo de haber entregado dicho justificante.
El parte de baja, el de confirmación de baja y el de alta son documentos oficiales, y como tales, deben ser expedidos por las personas adecuadas (en este caso, un médico de la Seguridad Social). La empresa necesita el original puesto que para ella son justificantes de las deducciones en las cotizaciones de la Seguridad Social, ya que la prestación por Incapacidad Temporal que tú cobras en la nómina sale de las cuentas de la empresa y ésta luego se lo deduce de lo que tiene que pagar en concepto de cotización por ti. Por eso, estos partes van por duplicado, uno para la empresa y otro para ti.
