En la Wii, ambos puertos USB tienen velocidad 2.0, siempre que el IOS58 oficial esté actualizado a su última versión.
Lo que permite cargar juegos con uno u otro puerto son los cIOS. Con cIOS y loaders antiguos no podrás.
Si usas los cIOS D2X podrás cargar juegos desde el puerto de arriba. También tendrás que habilitarlo en las opciones del loader que uses, ya que por defecto siempre se usa el de abajo.