Para instalarlos, el juego debe estar en la raíz del USB.
Para moverlos con el APP2USB, hay que modificar el ficherito ese, y además mover los archivos del juego a su carpeta correspondiente, para que cuando se ejecute vea que ya existe en el directorio y salte la copia.
De hecho, posiblemente te lo haya duplicado. Lo tendrás en la raíz, que no lo ha tocado, y en la carpeta CUSAXXXX correspondiente.