Hay programas profesioales que te pueden hacer lo que dices. Por ejemplo el Sound Forge. Simplemente abres un proyecto nuevo y copias y pegas las pistas una a continuacion de la otra. Al final salva el proyecto con un nombre y comprobarás que se trata de una sola pista.
Puede ser que haya otros programas más usuales que hagan lo mismo pero yo suelo trabajar con este.
Suerte