Teóricamente, y sólo teóricamente, al detectarte los clusters defectuosos se marcan como no válidos y esa zona del disco no se utilizaría para nada, por lo que debería seguir funcionando con normalidad. En la práctica, cuando un disco duro empieza a hacer esas tonterías es sinónimo de que su muerte está cerca (si es una cosa puntual no, pero si te pasa varias veces casi seguro que sí). Yo tuve un disco duro pasandole el scandisk durante 1 semana arreglando sectores defectuosos, al final siguió rulando algo más de tiempo pero daba a veces errores de lectura (como un disquete defectuoso) y por fin murió. Así que sólo te puedo decir que lo observes, y si no te vuelve a dar problemas, que le des gracias al cielo

y si sigue dando problemas, pues ya sabes, ir ahorrando para buscarle sustituto.
Saludos