Esto debería de ir en Scene, pero bueeeeeeeeno.
Si es una flashcart para backups de DS, mira en la web de la flashcart a ver si es compatible con la versión y si lo es, actualizar primero la flashcart y luego la consola.
Si es una flashcart para backups de 3DS, todas funcionan con la última versión (aunque estando en esa versión, y suponiendo que la flashcart es para backups de 3DS, yo instalaría un CFW).
Y si vas a actualizar, mejor hacerlo desde Configuración de la Consola > Otras Opciones > 4 > Actualización.