Pero, ¿lo de formatear a bajo nivel no era para reparar errores graves en los sectores del disco?
Lo más probable es que se te esté pasando algo, tal vez tienes archivos infectados en alguna partición o esos benditos autorun y al abrirla se activa el virus.
Tal vez entre tus backups tengas archivos infectados, en estos casos es importante utilizar únicamente material totalmente seguro y comprobado.