Sí, esto ocurre por usar un adaptador y no usar una Retro Duo o una Famicom, el adaptador de dos slots se salta la protección hardware (el CIC) del cartucho pero no la software.
Soluciones: modificar tu SNES (jodido), comprar una Retro Duo (barato), comprar una Super Famicom (barato también).
Elige la que más te guste, aunque claro, también hay acérrimos defensores de estos trastos.