Buenas,
Ya empiezo a entender lo que pides. Te aconsejo que busques algo de información sobre como funciona el sistema SysV de scripts de inicio del sistema, seguro que de esa forma te quedan las cosas más claras.
1 - Si quieres ejecutar un comando, que no sea muy común o complejo, en el inicio del sistema (independientemente del login), mi consejo es que lo agregues al fichero "/etc/rc.d/rc.local".
Lo que pongas en ese fichero se ejecutará al finalizar el arranque de TODOS los servicios del sistema, independientemente del runlevel en el que lo ejecutes.
2 - Si estamos hablando de un servicio como VNC, vsftpd, httpd, etc ... te aconsejo que busques un script que controle correctamente el inicio y parada de dichos servicios, ya que hacerlos de dicha manera haces un mejor arranque y parada de los servicios y del sistema.
3 - También puedes seguir el ejemplo del script "/etc/init.d/skeleton", rellenando las variables según tu juicio, agregándolo a la carpeta "/etc/init.d/(nombre-que-quieras)" y creando un enlace simbólico a "/etc/rc(runlevel-en-el-que-iniciar).d/", y siguiendo la estructura de Sysv, pones el nombre "S99(nombre-que-quieras)" para que arranque el servicio en ese runlevel, y creas otro enlace simbolico en "/etc/rc0.d/" y "/etc/rc6.d/" en con el nombre de "K01(nombre-que-quieras)" para que se pare al apagar el sistema o reiniciarse.
Desde ya te digo que no es aconsejable gestionar los scripts de SysV de esta forma (ejemplo 3) ya que puedes hacer que el sistema no funcione correctamente al iniciarse o al pararse. Para eso existen aplicaciones que gestiona esos scripts, como por ejemplo la aplicación que dice Zamorate, o el comando chkconfig, y también existen sciprt prefabricados o creados explícitamente para servicios conocidos (ejemplo 2).
Mi consejo es, que si no es algo simple, utilices el ejemplo 1, pero sigo recomendándote encarecidamente que busques algo de información de como funciona SysV antes de tocar nada, como ves, el inicio de sistema puede ser muy enrevesado o fácil según tu necesidad.
Un saludo.