Hay varias opciones dese multiplexores, programas de codificacion o editores de video, todo depende de exactamente que dease hacer y si esta sincronizado el audio con el video.
En caso de existir la soncronizacion AUDIO/VIDEO y no se quiere cambiar el formato de codificacion del audio y video lo mas sencillo es usar un multiplexor lo que hace es crear el archivo contenedor de video [MKV, AVI, MP4, MOV, FLV, MPG, etc.] e "inyectarle" las cadenas de audio, video y subtitulos, como es una copia delñ audio, video y subtitulos la calidad del video y aduo no se ve mermada.
Con MKVMERGE puedes hacer un *.MKV, con YAMV/MP4Box puedes hacer un *.MP4 o con DivXMux_GUI puedes hacer un *.AVI/*.DivX. Los tres tipos de contenedor de video soportan video codificado en DivX/XviD y audio en MP3 o en AC3 o en DTS y PCM. Solo el MKV y el MP4 soportan video codificado en h.264.
Agregar/quitar audio desde un multiplexor:
MKVMERGE, solo arrastras el archivo de video al MKVMERGE y quitas la marca del componente de aduio o subtitulo que no quieres conservar, despues arrastras el audio -o el video que contiene el audio que deseas sustituir, en este caso desmarcas el componente de video que no quieres y dejas solo el del audio-. Pulsas el boton START MUXING y tendras un archivo MKV con el audio que agregaste.

MKVMERGE es parte del paquete MKVToolNIX
YAMB, seleccionas "CREACION>Click para crear un archivo MP4 con..". de iguial forma arrastras el archivo de video que deseas modificar, desmarcas la casilla del componete de audio que no quieres conservar, arrastras tu archivo de audio -o el video que tiene el audio que vas a usar,l pero desmarcas el componente de video dejando solo el del audio- y opcionalmente el de subtitulo. Le das un nombre de archivo y donde se guardara y tendras un video en contenedor *.MP4 con el audio que has sustituido.

En los casos anteriores requieres que el audio que vas a agregar haya sido codificado a la misma velocidad de cuadros -frames por segundo- que el video donde vas a colocarlo, de lo contrario veras que el audio o esta adelantado o esta atrasado respecto a la imagen.
Agregar/quitar audio desde un recodificador:
Mediacoder, arrastras tu video a la ventana, en la pestaña VIDEO marcas la opcion de COPY para no recodificar el video, en la pestaña AUDIO eliges FILE_EXTERN y eliges el archivo de audio que necesitas, vas a la pestaña CONTENEDOR y eliges el contenedor que requieras [mkv, avi, mp4, ogm, flv, mov, rm, etc.], pulsas el boton start y listo.
en AVIDemux encontraras opciones similares solo que ahi tienes un boton AUDIO y un boton VIDEO.
usando multiplexor o software de codificacion podras sincronizar el audio con el video empleando la opcion DELAY para adelantar o atrasar la reproduccion del audio con el video, se maneja en milisegundo [ms] donde 1s=1000ms, 0.5s=500ms y 1ms=0.001s
Si la deso¿incronizacion no es constante es decir, has logrado que el audio y el video esten sincronizados al inicio pero conforme avanza el video notas que se empieza nuevamente a desincronizar, en ese caso la unica manera es mediante algun software de eeicdion semiprofesional o profesional de video y el usar el PITCH o velocidad de reproduccion dinamico de audio para forzar la sincronizacion pero tendras que ir viendo todo el video para manualmente ir cambiando el pitch que logre que se sincronize en esepunto el audio con el video.