¿Conversor de audio de flac a…?

Pues si la tienes en flac es precisamente porque quieres un formato sin perdidas, no?
Sino pues al mp3 de toda la vida, con bitrate alto.

Lo quiero sin pérdida, pero tampoco que ocupe mucho el audio. Un ejemplo, con el tipo de audio que llevan los anime que no llevan flac, me conformo.

Otra cosa; con el mkvtoolnix, ¿se puede dejar por ejemplo, un opening de un anime en japo y en cuanto termine ese opening que siga pero con el audio en castellano?

Que sea audio sin perdida y ocupe poco es imposible, o te enfocas en la calidad o en la cantidad, el unico que ocupa menos espacio que FLAC es Shorten si no me equivoco, pero aun sigue ocupando bastante mas que un mp3

http://www.etree.org/shnutils/shorten/

¿Y ese Flac no lo podría pasar a AAC?

Claro, demultiplexas el mkv para conseguir los archivos, conviertes el FLAC a AAC con cualquier conversor de audio y lo vuelves a multiplexar con el AAC

¿Y cómo se hace?¿Con qué programa?

Con mkvtoolnix + mkvextractgui

http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/

http://www.videohelp.com/tools/MKVExtractGUI-2

Me extrae el audio en FLAC, pero, ¿no me hace directamente el pasar de FLAC a ACC o el que yo elija?

No, pero ese FLAC lo puedes convertir a AAC con cualquier conversor de audio