MKVMERGE, MP4Box, o AVIMUX son multiplexores, con lo que no le cambiaran el peso del archivo.
Usa DivX Plus Converter que viene con el paquete de codec DivX 8 Plus, es de pago con lo que tendras que desenbolsar dinero, con el podras recodificar el video a formato DivX o al formato h.264 y ya elegiras si usar contenedor de video AVI o contenedor de video MKV, ambos contenedores soportan hasta 8 pistas de audio y 16 pistas de substitulos flotantes, solo recuerda que streams de video en h.264 no son muy compatibles con el contenedor AVI. EN las opciones de video usa "Pass Through original audio.." para que no recodifique el audio dejando la calidad del original, en Video Bitrate usas uno menor al del original
el bitrate usado en el stream de video lo puede averiguar con MediaInfo que es gratuito, o bien busca un programa BITRATE CALCULATOR, este te pedira duracion del video y bitrate del audio -si tienes dos o mas pistas de audio, sumas los bitrates y ese valor lo usas como bitrate de audio en la calculadora-, te pedira el peso que quiears tenga el archivo de video y con eso te da el valor del bitrate del stream de video que necesitas y ese lo usas en el programa de codificacion del video.
Tambien Tienes Pegasys TMPGEnc Authoring Works, para recodificar al formato de video que gustes DivX/XviD, h.264 entre otros, y dejar tus pistas de audio y de subtitulos flotantes, tambien de pago.
Otra opcion, solo si son archivos AVI los que tienes, VirtualDUBMOD, debes instalar o el paquete gratuito DivX 8 o bien el codec XviDd de Xvid.org, abres tu archivo de video, menu VIDEO>FULL PROCESSING MODE, menu VIDEO>COMPRESSION, eliges el codec DIVX o XViD que instalaste, boton configurar y pones el valor del bitrate
virtualdubmod solo recodificara el video y dejara intactas las pistas de audio, guardas como video en contenedor AVI.