Simplemente, desde el gestor de particiones GParted de Ubuntu, elimina las particiones Windows. Serán las que tengan de sistema de archivos NTFS.
Si no estás muy seguro de lo que haces mejor pon una captura de pantalla y así te podemos ayudar mejor sobre qué particiones tienes que formatear.
PD: lo que usas es Ubuntu, una distribución (Sistema Operativo) más de GNU/Linux. Linux es sólo el núcleo de el SO ; )