Este tipo de chips FPGA son los que suelen usar los grandes desarrolladores de hardware para hacer sus prototipos. Por ejemplo, Intel o nVidia antes de sacar sus determinadas CPUs o chips gráficos, testean su funcionamiento en sistemas FPGA, usando el mismo tipo de programas VHDL o Verilog que usamos nosotros en placas de desarrollo tipo Altera DE1. Para que lo entendais, el principio es el mismo.
Claro que lógicamente los sistemas usados por estas compañías son sistemas carísimos y mucho más sotisficados que un simple chip Cyclone.
El principal problema a la hora de implementar "Systems on a Chip" es la documentación técnica disponible, y la cantidad de puertas lógicas disponibles en el chip.
Los micro-ordenadores de la década de los 80 suelen ser de arquitectura abierta, el primer IBM-PC, el MSX, el Spectrum; todos son sistemas de arquitectura abierta bien documentados, con datasheets públicos y es fácil (para el que sabe claro), hacer una implementación VHDL para un FPGA.
Por lo tanto, la implementación de estos sistemas "retro" en FPGAs suele ser casi perfecta, a años luz de los emuladores, es como tener la máquina real enfrente.
Las arquitecturas modernas son cerradas, e implementar un sistema así es tarea casi imposible, ya que no se conoce la documentación técnica necesaria. Además de que una placa Altera DE1, a lo mucho que llega es a implementar un Amiga (minimig) y rozando los límites en cuanto a puertas lógicas disponibles y velocidad.
Respecto a lo que pregunta bullituary de si sería posible tener en una misma placa varios sistemas y luego decidir qué sistema usar...
De ser posible, lo es, teniendo la suficiente capacidad de puertas lógicas disponibles. Pero de momento lo único que hay son sistemas independientes, y casi todos llegan al límite teórico de capacidad de estos chips. En un futuro, puede ser, pero de momento no lo veo viable para placas FPGA "de consumo". De todas formas reprogramar estas placas lleva 5 minutos a lo máximo, se hace en un santiamén.
De sistemas disponibles para Altera DE1, que yo sepa:
Zet processor,
MSX 2+,
Yet another FPGA ZX Spectrum,
FPGApple,
Vector-06C,
BK-0010,
Minimig, varios
Sistemas Arcade, pero algunos son para otro tipo de placas como la Spartan,
CPC TREX, para placas T-REX C1 de TerasIC.
Seguro que hay algún sistema más por ahí que no conozco