1.- Aclarar que cIOS refiere a Custom IOS.
Que son los IOS? Para que nos entendamos los IOS pueden representarse cómo la unidad básica del sistema de Wii, en pocas palabras, son los que hacen que que funcionan las cosas.
Es algo así como un firmware modular.
Sabiendo eso, añadir que un cIOS se pueden considerar como ficheros de sistema de Wii personalizados que permiten hacer cosas que de otra manera serían imposibles, como por ejemplo el soft chip (un cargador de backups sin modchip), la extracción de juegos utilizando el lector de la Wii, soporte a USB 2.0, soporte para tener la NAND emulada...
Lo que veo que te da duda es el tema de las rev.x o los cIOS 222 - 223 - 249 .... bien, aclararte que lo que se refiere a revisión es tal como indica su nombre una revisión del mismo.
Contra más alta la revisión, más nuevo es el cIOS en cuestión. (A partir de X revisión por ejemplo se añadió el soporte de carga de backups via DVD, la cual se fue mejorando rev a rev, y a partir de X revisión se le añadió soporte a la carga de backups via USB, y con las últimas revisiones realizadas por Waninkoko [a día de hoy] se añadido el soporte a emular la NAND...)
También aclararte que hay varios cIOS por un simple motivo que es que otro developer (en este caso haces mencion al cIOS 222 de Hermes) a creido necesario crear y/o modificar el código y la forma de funcionamiento del ya existente en el cIOS 249 de Waninkoko.
A esto no te puedo decir que uno sea mejor o peor, cada uno funciona bien a su manera. Y cada uno añade sus diferentes opciones. Comentarte que el cIOS de Hermes está más dirigido a la carga via HDD, pero que hay aplicaciones que necesitan el tener instalado el cIOS de Waninkoko, ya que llaman al cIOS 249.
Comentarte también que algo que hay que saber es que un cIOS no sobreescribe a otro ( a no ser que sea una revisión de este), sino que son archivos diferentes. (Esto también refiere a los IOS originales de Nintendo)
Es decir, en tu consola puedes tener a la vez el IOS249, IOS222, IOS223, IOS202, IOS60… etc.
Aclarar también que el menu de sistema de Wii usa un IOS en concreto (por ejemplo 4.X usa el IOS60) [a no ser que con preloader indiques que cargue el SM con otro IOS), pero un VC puede usar otro diferente, luego un juego en concreto puede usar otro u otros distintos y así con todo, con lo que deberemos tener en todo momento los IOS necesarios para arrancar lo que precisemos, sean juegos, discos y/o menús que queramos.
Si disponemos de una Wii modificada que precisa de un IOS que no tenemos lo que podemos hacer para evitar que con una actualización se machaque toda la modificación realizada, es añadirlo manualmente (previa descarga desde por ejemplo NUSD) gracias a la herramienta como el WAD Manager, o via herramientas como son DOP-IOS que descargan y parchean los IOS según se indique.
Una forma de darnos cuenta de si nos falta un IOS, es por ejemplo intentar ejecutar un juego de Wii y que aparezca un Error tipo #002, ese error indica entre otras cosas que nos hace falta un IOS básico para el correcto funcionamiento de ese juego en concreto.
Te dejo además una buena recopilación realizada por Wiibrew sobre el historial de los diferentes IOS para que puedas profundizar más:
http://www.wiibrew.org/wiki/IOS_History2.- UsbLoader GX podrás arrancarlo via homebrew channel, o en su defecto puedes crearte un WAD de el dol de la aplicación para arrancarlo desde el menu de la Wii.
3.- Mientras el disco sea compatible con la Wii, no tendrás problemas en que solo use un puerto USB, (aunque igual te interesa que tenga 2 puertos USB cogidos o que el hdd este conectado a la corriente para evitar que mientras estes jugando le falte energia y se pare)
Espero que te haya sido útil,
Un saludo