El problema no es el ejecutable, el problema son los datos. Los datos se cargan mediante NAND que gestiona IOS por ES. IOS ni tiene driver completo de SD, solo la capa de bloques. Haria falta añadirle un FAT entero al IOS y luego de alguna forma pinchar eso en ES sin molestar a la parte de la nand - y eso es bastante jodido. Y como la NAND es "segura" y la SD no, nintendo tendria que añadir una capa de seguridad entera.
Los canales no se pueden cambiar porque ya están hechos. Los canales asumen que la carga es mediante ES, directo a IOS. De hecho la mayoría no tienen el driver de SD. Con lo cual habría que mover toda la capa de SD a IOS. Actualizaciones masivas a IOS ya existentes, lo cual es muy problemático. Y aun así manteniendo la compatibilidad con el código de SD viejo que usan los juegos actuales. Y luego esta el tema de la seguridad.
Es un cristo masivo incluso para Nintendo. Es una de esas cosas que teóricamente son posibles - como por ejemplo añadir soporte de wiimote a juegos de GC, lo cual teóricamente es posible - pero que conllevan tanto cambio y tanto lio que no es práctico.