INCRUSTAR no es lo mismo que ADHERIR, incrustar solo se hace al contenedor, es decir, el archivo del subtitulo esta INCRUSTADO en el contenedor por lo que tienes un subtitulo Flotante, aqui no se altera ninguna de las dos partes, el stream de video y el archivo del subtitulo son independientes y se pueden recuperar; por el otro lado ADHERIR es pegar a cada fotograma del stream de video el texto de los subtitulos por lo que el texto adherido ya forma parte del video mismo, estamos alterando el stream de video, en este caso se requiere forzosamente recodificar el video para poder adherir los textos.
Puedes usar Mediacoder o AVIDemux para ADHERIR el subtitulo.
Mediacoder.
Arrastramos el archivo de video a la ventana de mediacoder, pestaña VIDEO elegimos el formato de video [xvid, h264, mpeg-2, wmv9, etc.] y el bitrate a usar, pestaña AUDIO, podemos marcar la casilla COPY para no alterar el audio o en su lugar elegir el formato de audio a usar, pestaña CONTENEDOR, elegimos MKV -u otro contenedor-, pestaña TIEMPO, elegimos el tiempo inicial y el tiempo final, digamos que la escena empieza a los 5min y termina a los 17min23seg
tiempo inicial 0:05:00.000
tiempo final 0:17:23.000
pestaña SUBTITULO, elegimos el archivo del subtitulo, el tipo de letra color y la posicion, en RENDER elegimos DEFAULT, boton START y tendras tu escena codificada al formato de video que elegiste, con el subtitulo adherido y en contenedor MKV
AVIDEMUX
menu FILE>OPen y abrimos el archivo de video, boton VIDEO elegimos el formato de video a usar, boton FILTER, elegimos SUBTITLE, si es un archivo ASS elegimos como filtro de subtitulaje el ASS, si es un archivo SRT elegimos SUBTITLER y seleccionamos el tipo de letra y color a usar, asi como el tamaño. Boton AUDIO, elegimos COPY para no alterar la calidad o elegimos algun formato de audio que queramos, boton VIDEO elegimos contenedor MKV -o algun otro-.
Menu FILE>SAVE>SAVE VIDEO.. lñe damos un nombre al archivo y agregamos el "*.MKV", esto porque AVIDEMUX no agrega las extensiones. -Si elegimos en VIDEO el contenedor MP4 al guardar el video nuevo debemos agregarle la extension *.MP4-
